Il Museo della Basilica di S. Maria delle Grazie è stato istituito nel 1864 grazie al notabile locale Vincenzo Mannozzi Torini che raccolse le opere provenienti dalle chiese locali nell’Oratorio per salvarle dalla probabile dispersione dovuta alle soppressioni del periodo postunitario. La collezione fu poi studiata nel 1959 da Luciano Berti che ne curò un primo catalogo e aperta al pubblico nel 1990, quando, grazie alla Soprintendenza di Arezzo, furono allestite tre sale negli ambienti retrostanti la Basilica per ospitare le opere più importanti e soprattutto il capolavoro dell’Annunciazione di Fra Giovanni da Fiesole detto Beato Angelico, dopo un lungo ed accurato restauro curato da Carlo Guido. Al 2005 risale il moderno allestimento con l’apertura di tre nuove sale e l’adeguamento degli impianti di microclima e di sicurezza in base agli standard museali richiesti. La collezione si era inoltre arricchita di alcune opere recuperate a seguito della campagna di restauro La memoria dell’arte nel 1999-2000 grazie al contributo di privati e aziende del territorio. Il Museo, cogestito con il Comune di S. Giovanni Valdarno attraverso una convenzione, dal 2002 fa parte del Sistema museale del Valdarno superiore, denominato nel 2006 Sistema dei Musei dei Beni culturali e del paesaggio del Valdarno, con cui ha condiviso la partecipazione a bandi regionali per la valorizzazione del patrimonio e per l’offerta didattica. Dal 2012 il Museo è stato inserito nell’elenco dei musei accreditati dalla Regione Toscana come Musei di Rilevanza Regionale, riconoscimento confermato per ben due volte nel 2015 e nel 2018. Il Museo è uno dei Musei di Arte sacra più importanti della Diocesi di Fiesole, è frequentato anche da un pubblico religioso per visite, meditazioni, preghiere, nonché luogo di incontri, conferenze, letture di approfondimento e collabora con associazioni, enti e istituti vari della Diocesi.